Музейно-экскурсионный комплекс заповедника принимает гостей в течении всего года без выходных. В Башкортостане пещеру Шульган-таш рекомендуется посещать в будние дни. Работники заповедника объясняют это желанием сохранить уникальный памятник культуры и археологии с наскальной живописью эпохи палеолита.

Из-за огромного потока туристов, особенно по выходным, микроклимат пещеры меняется и рисунки начинают портиться. В научном отделе заповедника определили оптимальное количество посетителей — 600 человек в день.

Музейно-экскурсионный комплекс заповедника принимает гостей в течении всего года без выходных, с 11:00 до 19:00. За год его посещают до 36 тысяч туристов со всех стран. Для посетителей оборудованы музеи пещеры, бортничества, обустроена игровая площадка «Стоянка предков», колодная пасека, обзорные площадки, фитобар, сувенирный магазин.