Росавиация приостановила сертификат «Авиакомпании «Башкортостан» 9 октября. Причиной этому послужило письменное заявление эксплуатанта. 9 октября действие сертификата эксплуатанта ООО «Авиакомпания «Башкортостан» было приостановлено. Росавиация сообщила, что причина приостановки — письменное заявление эксплуатанта.

Авиакомпания базируется в Уфе и входит в группу «ВИМ-Авиа». Она не имеет прямого отношения к республике. В августе 2011 года руководство региона подписало официальное письмо к авиакомпании «Air Bashkortostan» об исключении из ее названия слова «Башкортостан».

Транспортная прокуратура инициировала приостановление сертификата ООО «Авиакомпания Башкортостан» из-за невыплаты зарплаты летному составу и сотрудникам. С начала 2013 года на предприятии нарушили права 151 работника. В июне долг по заработной плате был погашен.